1999年6月10日，经国家教育部批准，由北京轻工业学院与北京商学院合并组建北京工商大学，同时，机械工业管理干部学院并入，由北京市负责领导和管理。

北京商学院先后隶属商业部、国内贸易部，前身是中华全国供销合作总社干部学校和中央商业干部学校。中华全国供销合作总社干部学校建于1950年初，中央商业干部学校建于1953年，1958年中华全国供销合作总社干部学校合并到中央商业干部学校。1959年商业部经国务院批准成立中央商学院，1960年更名为北京商学院，中央商业干部学校与北京商学院合并。1969年北京商学院因“文化大革命”停办，1978年经国务院批准恢复招生。北京商学院是我国建国后建立较早的专门培养经济管理人才的高等院校之一，是国务院批准的全国首批硕士学位授予单位。北京轻工业学院创建于1958年，是我国最早建立的一所轻工业高等学校。1970年迁入陕西省咸阳市，1978年经国务院批准在北京原址重建，先后隶属于轻工业部和中国轻工总会，主要面向轻工行业培养高级专门人才。机械工业管理干部学院建于1982年，隶属于机械工业部，主要是面向机械工业行业培养管理干部。合并组建后的北京工商大学步入了新的发展时期，综合实力显著增强，由单科性大学发展成为以经、管、工为主，经、管、工、理、文、法、史等学科相互支撑、协调发展的多科性大学，并确立了把学校建设成为一所特色鲜明的教学研究型大学的奋斗目标。

2005年6月10日，中国社会科学院常务副院长、博土生导师冷溶教授来校举办了题为《用马克思主义立场、观点、方法指导哲学、社会科学发展》的讲座，旨在贯彻执行党中央下达的三项教育活动，结合学校教育工作实际学习马克思主义。

2007年6月10日，北京市高校第28届健美操、艺术体操比赛在中国传媒大学拉开帷幕，学校健美操代表队获竞技健美操三级等级动作团体第一。梨园获三级女子单人操第一名；李勃南获三级男子单人操第一名；李云洁、梨园、徐芊获三级三人操第一名；在大众健美操等级规定动作比赛中，李云洁、梨园、徐芊、赵书琪、赵蕾、曹馨六人赢得该项最高分；李勃南获二级男子单人第二名并以此成绩通过国家二级运动员等级；另两名新队员通过国家三级运动员等级。

1982年6月11日，机械部部长周建南、副部长杨锵听取机械工业管理干部学院筹备工作汇报，为机械工业管理干部学院定名。

2010年6月11日晚，北京工商大学60周年校庆文艺晚会隆重开幕。观看本次演出的有党委书记孙尧东，校长谭向勇，党委副书记卢思锋，党委副书记兼纪委书记张德玉，副校长李朝鲜、呼文亮，中国工程院院士陈克复，大连工业大学党委书记张杰威、哈尔滨商业大学副校长刘雪松、云南财经大学党委副书记潘祖和、内蒙古财经学院副院长陈志平、什邡南泉中学校长车毅及各位校友代表，学校离退休老干部及师生代表。

1999年6月12日，北京工商大学举行成立大会，教育部计划发展司司长纪宝成宣读了组建北京工商大学的决定，国务院副秘书长、国家教科领导小组成员徐荣凯和北京市市长刘淇为学校成立揭牌。新组建的北京工商大学有本科专业30个、硕士研究专业17个，覆盖经济学、法学、文学、历史学、理学、工学、管理学八大学科门类，从根本上改变原来各院校学科结构单一的局面。成为北京市重点建设大学。这是我国首次由属于不同部委的院校之间进行的合并。

2010年6月12日，北京工商大学建校60周年庆祝大会在良乡校区文体馆隆重举行。中共中央政治局常委李长春、全国人大常委会副委员长陈至立、中华人民共和国商务部部长、党组书记陈德铭？发来贺信，向全校师生员工致以热烈的祝贺和诚挚的问候！各级领导、国内外高校代表、社会各界嘉宾、海内外校友，以及学校全体领导、师生代表齐聚一堂，共贺工商六十华诞。

北京工商大学党委书记孙尧东宣读了李长春、陈至立、陈德铭同志的贺信、题词及教育部、中国轻工业联合会的贺信。校长谭向勇发表了热情洋溢的讲话。

出席庆祝大会的领导和嘉宾有：中华全国工商业联合会副主席谢经荣同志，中国轻工业联合会副会长、全国政协常委潘蓓蕾同志，财政部副部长、党组成员朱光耀同志，全国政协常委、民革中央副主席、北京市委主委、北京市政协副主席傅惠民同志，致公党中央副主席、天津市政协副主席、天津科技大学校长曹小红同志，中国轻工业联合会高级顾问张善梅同志，中共北京市委副秘书长张建明同志，中共北京市委教育工委常务副书记刘建同志，中共北京市委教育工委副书记、市教委主任刘利民同志，中国人民大学校长纪宝成同志，中国农业大学校长柯炳生同志，爱尔兰国考克大学校长迈克尔• 墨菲先生，中国工程院陈克复院士。

2008年6月13日，抗震救灾英模事迹报告团首都高校专场报告会在学校良乡校区举行，蒋敏、杨剑、李国华、龙德强、黄金坡、张泉灵等6位报告团成员，为学校和北京理工大学等校1000多名师生讲述了自己在救灾过程中的亲身经历和真切感受。中央电视台、北京电视台、北京日报、中国教育报、中国青年报、北京青年报等多家媒体从多个角度对英模报告会进行报道，千龙网对报告会进行了现场直播。

2008年6月13日，第14届世界食品科技大会第四次学术委员会工作会议在福州大学召开，学校副校长、大会学术委员会委员、化学与环境工程学院孙宝国教授出席了会议。会议通报了第14届世界食品科技大会论文征集情况。大会共收到68个国家和地区的论文摘要2147篇，其中：中国889篇，学校提交论文42篇，在国内各单位中与浙江大学并列第7名。大会由国际食品科技联盟与中国食品科技学会共同主办。

2003年6月15日，北京市委常委、市教育工委书记朱善璐和市教育工委常务副书记夏强一行前往东方大学城调研，召开了进驻大学城的28所院校负责人座谈会，随后，朱善璐一行在廊坊市市长吴显国和校长沈愉的陪同下，看望、慰问了分校全体师生。对学校在特殊时期将分校教学方式由“走教”改“住教”的果断决策给予肯定，并对分校师生在这一时期所做出的各种努力表示感谢，鼓励大家继续坚持“两手抓”的方针，争取两条战线上的胜利。

2010年6月15日上午，正在我国访问的爱尔兰总统玛丽·麦卡利斯在中国大饭店与中爱两国工商、教育界专家举行了商务早餐会。学校校长谭向勇教授应邀参加了会议并与玛丽·麦卡利斯总统及两国其他官员同桌共进早餐。

2005年6月16日，学校关心下一代工作委员会成立大会在学校阜成校区召开，校党委书记王守法、副书记唐立军和关心下一代工作委员会第一届委员20多人参加了会议，会议由唐立军副书记主持。以陈仁敏同志为第一届委员会主任的学校关心下一代工作委员会旨在“老有所为、发挥优势、关心青年、育人成才”。